Keistimewaan Kompleks Candi Panataran, keistimewaan Candi Panataran terlihat pada ukuran kompleks candi yang luas, dibangun di atas hamparan tanah seluas 12,946 m2. Dalam kompleks tersebut terdapat sebuah prasasti dari masa Kerajaan Kadiri, yaitu prasasti Palah dari tahun 1197 Śaka yang dikeluarkan atas perintah raja Śṛṅga. Prasasti sekarang masih in-situ, berisi tentang hadiah sima untuk seseorang yang bernama Mpu Iswara Mapanji Jagwata, yang telah berjasa karena melakukan pūja setiap hari kepada Paduka Bhatara ri Palah.
Candi Panataran telah dikenal sejak masa kolonial, seperti dicatat dalam The History of Java (1817) oleh Sir Stamford Raffles yang menyebut kunjungan Horsfield, dan oleh Rigg pada tahun 1849 yang menguraikan struktur candi dalam Journal of the Indian Archipelago.
Kompleks candi ini terdiri dari tiga halaman (I, II, III) dan dua kolam suci (patīrthān), yaitu patīrthān I yang terletak di luar area candi di tepi jalan raya, dan patīrthān II yang berada di halaman III, bagian tenggara, pada posisi lebih rendah. Kolam-kolam suci ini berfungsi sebagai tempat penyucian diri (matīrtha) sebelum melaksanakan pūja maupun kegiatan spiritual lainnya seperti yoga.